Pembiasaan siswa siswi MI Muhammadiyah 9 jombang setiap hari saat masuk sekolah dimulai dengan kedisiplinan siswa yang wajib masuk pukul 06.45 dilanjut dengan apel pagi dan sholat dhuha.hal ini dimaksudkan guna mengajarkan siswa akan pentingnya menghargai waktu dan belajar tanggung jawab .

setelah sholat dhuha semua siswa muroja’ah juz amma .ditambah lagi dengan belajar baca alquran dengan metode UMMI.serta sitiap hari sebelum pulang semua siswa melaksanakan sholat dhuhur berjama’ah.